如何在顶级科学杂志上发表论文(二)


写封面信有一些讲究,写的不好,文章马上就给你退回。举例一,这是一篇我们实验室在Nature Neuroscience发表的文章,它是这样写的:We would like to submit the enclosed manuscript entitled “GDNF Acutely Modulates Neuronal Excitability and A-type Potassium Channels in Midbrain Dopaminergic Neurons“, which we wish to be considered for publication in Nature Neuroscience。接下来说,为什么这个文章是重要的,GDNF has long been thought to be a potent neurotrophic factor for the survival of midbrain dopaminergic neurons,这是人家过去已经发现的,神经营养因子一直是被认为对中脑多巴胺神经元存活起促进作用,接着说,which are degenerated in Parkinson’s disease.任何科学发现,假如跟疾病有关的话那就是很重要的,GDNF一般是调控中脑神经细胞的存活,In this paper, we report an unexpected, acute effect of GDNF on A-type potassium channels, leading to a potentiation of neuronal excitability, in the dopaminergic neurons in culture as well as in adult brain slices. Further, we show that GDNF regulates the K+ channels through a mechanism that involves activation of MAP kinase. Thus, this study has revealed, for the first time, an acute modulation of ion channels by GDNF.这一段讲的是主要发现,接下来我讲为什么是重要的。Our findings challenge the classic view of GDNF as a long-term survival factor for midbrain dopaminergic neurons,教课书上说GDNF survival factor现在我们来挑战这个传统观念,如有道理将改写教科书,很重要。我又说这个工作suggest that the normal function of GDNF is to regulate neuronal excitability, and consequently dopamine release.这是另外一个重要的贡献,巴金森氏症主要是因为神经递质多巴胺的释放下降,我们可以通过调控神经兴奋性,来调控多巴胺的释放。These results may also have implications in the treatment of Parkinson’s disease.所以这项工作也有临床意义。接下来是建议:Due to a direct competition and conflict of interest, we request that Drs. XXX of #1 Univ., and YY of #2 Univ. not be considered as reviewers.这些建议也要实事求是,真是觉得这些人是在做类似的工作,有竞争。

这篇文章发表后,有一位做离子通道的科学家来访问NIH时,问我说,为什么这篇文章能在Nature Neuroscience上发表?他说,离子通道的调控文章现在已经很难发了。神经营养因子的快速作用,这也不是第一个。GDNF对中脑多巴胺神经元的调控,已经有很多文章了。我想他要是读了我的封面信,也许会比较理解这篇文章的重要意义。由此可见,一篇文章怎么写,从什么角度,怎么来编排,有时也可以决定一篇文章在那里发表。

举例二,We would like to submit the enclosed manuscript entitled “Ca2+-binding protein frequenin mediates GDNF-induced potentiation of Ca2+ channels and transmitter release“, which we wish to be considered for publication in Neuron. We believe that two aspects of this manuscript will make it interesting to general readers of Neuron. First, we report that GDNF has a long-term regulatory effect on neurotransmitter release at the neuromuscular synapses. This provides the first physiological evidence for a role of this new family of neurotrophic factors in functional synaptic transmission. Second, we show that the GDNF effect is mediated by enhancing the expression of the Ca2+-binding protein frequenin. Further, GDNF and frequenin facilitate synaptic transmission by enhancing Ca2+ channel activity, leading to an enhancement of Ca2+ influx.具体科学内容不懂没有关系,重要的是有没有写清楚意义。Thus, this study has identified, for the first time, a molecular target that mediates the long-term, synaptic action of a neurotrophic factor. Our findings may also have general implications in the cell biology of neurotransmitter release.你需要指出这是第一。这是一个大家关心的问题,而且是第一次报道的新发现,这样才会被重视。

举例三,是1996年发表在Nature上的文章。当时我觉得分量还不够,所以封面信上就写得多一点。Enclosed are copies of a manuscript entitled “BDNF and NT-4/5 Promote the Development of Long-Term Potentiation in the Hippocampus”, which we wish to be considered for publication in Nature. As you know, there is a great deal of interest and excitement recently in understanding the role of neurotrophins in synapse development and plasticity.众所周知,这是一个大家都感兴趣的问题。Our manuscript provides, for the first time, the physiological evidence that neurotrophins regulate long-term potentiation (LTP).The main point of the paper is that the neurotrophins BDNF and NT-4 induce an earlier appearance of LTP in developing hippocampus.In contrast to recent Science article by XX group,人家刚刚在Science杂志上发表的一篇文章。We did not see that BDNF enhance basal synaptic transmission in adult hippocampus. Nature和Science相互都要竞争的,如果说是Science上发表的文章是错的,一定会引起兴趣。However, we found that in adult hippocampus, inhibition of BDNF/TrkB activity attenuated LTP, and weak tetanus that normally cannot induce LTP produced enduring LTP.这是我们的发现。These findings may have implications in the basic mechanism for regulation of synapse development and long-term modulation of synaptic efficacy.这是我们这项工作的意义。

Because of the rather competitive nature of the field and the important implication of our findings, we have not yet presented this work in any public forum.我们在公共场合没有讲过这个问题。However, confidential discussion with several prominent neuroscientists such as 111 and 222 have generated tremendous excitement.私下我们已经给一些有名的专家看了我们的工作,他们都感到很有意思,增加了分量。Thus, we feel that this work is of general interest and is suitable for publication in Nature。

怎样写标题?

我举几个写得比较好的和几个我认为不是最好的。写标题一般是要写重要的,我反复强调你做的工作一定要是重要的发现,非同一般也要反映在标题里。做生命科学的,有两类东西会引起重视的。一类是解决功能问题,假如说你能够发现一种分子的功能,这是比较能引起重视的。另一类机理,是把机制搞清楚了,往往会被引起重视。这标题一定要写得简单、生动,不要拐弯摸角,不要模棱两可。这里举两个例子,我认为是写得比较好。最近翻阅了Science、Nature.杂志,包括这些不好的标题都是在Science、Nature上的,也不是太坏,相比好的标题要差些。

这些是比较好的:

SynCAM, a synaptic adhesion molecule that drives synapse assembly,大家都知道突触形成是一个过程,现在克隆一个分子,这一个分子可以组装突触,一下子就吸引你的注意。

Inhibition of Retroviral RNA production by ZAP, a CCCH-type Zinc finger protein。Zinc finger protein很多都是转录因子,他说Zinc finger protein可以抑制逆转录病毒,逆转录病毒是一个很可怕的事情,我现在有一个Zinc finger protein可以抑制它,所以这是很吸引人的。

Protein phosphatase 1 is a molecular constraint for learning and memory, Protein phosphatase 1是磷酸脂酶,一个酶可以控制学习记忆,很吸引人。

E3 ubiquitin ligase that recognizes sugar chain,酶的底物往往是蛋白,而他认为是sugar chain,就非常有意思。

Single cell gene profile 一个细胞里面我可以把所有的基因的profile都拿出来,这个题目一看就非常吸引人。

Molecular evolution of FOXP2, a gene involved in speech and language 这篇除了标题好之外,文章也绝对精彩。它说FOXP2基因可以参与人的讲演,语言,能找到这样一个基因可以控制语言,本身就了不起。而这篇文章,一共只有一个手工画出来的图和一个表格。FOXP2是在喉咙肌肉里面表达的基因。该文并没有做实验,而是在已发表文章中分析出来的。譬如说,一个人讲话结结巴巴,讲不出来,是一种疾病。这个遗传基因坏了,提示可能这基因与不会说话有关系。作者去查了基因库数据,猴子、猩猩跟人比较接近的动物,它们不能讲话,比较一下其DNA顺序,跟不会讲话的人的差别怎么样的,结果发现猴子、猩猩的基因与不会讲话的人的基因差不多,说明不会讲话的人的基因坏了,为什么猴子、猩猩不能讲话,就是因为它们的基因没有进化到与人一样。写这篇文章的人绝对是很聪敏。他把人家的文章拿来,做一下不会说话的人的基因,然后与不会说话的猴子、猩猩的基因比较一下,就能出文章。

下面是一些我认为不太好的标题:

Structure, mechanism, an regulation of the Neurospora plasma membrane H+,这是个什么都说,什么都没说清楚的Title,这个文章的标题不够特意,看了题目不知道他在说什么,只有去看文章才能知道说了些什么。

Modulation of postendocytic sorting of G-protein-coupled receptors,什么Modulation,是up Modulation,还是down Modulation,没用说清楚。

Distinct molecular mechanism for initiating TRAF6 signaling,拿Distinct这些大字来吓唬人的。

还有我不喜欢的标题用这些词开始:Identification of…; Role of…; Involvement of…,不是很清楚,很直接,像这样的标题,不能一下子吸引人注意。

怎样写摘要?

写摘要是最重要的,你的文章是死是活很大程度上取决与摘要写的好不好。假如写这篇文章化了20个小时话,那么在摘要上化3-5小时也是不冤枉的。

Abstract包括几个成分:

Rationale,就是为什么要做这件事情,逻辑是什么,目的是什么。如“…remain unknown”,为什么去做“To determine…”

Summary statement,即简短指明主要发现。如“Here we show…”,“Here we report…”,“Here we describe…”

Body,很多没有经验的人往往会写很多细节,把我的方法是什么,结果正的方面是什么,反的方面是什么,做很多的详细烦琐的描述,我觉得没有必要。尽量少用特殊名词,不要用缩写。

Significance,即意义。摘要一定要说明这项工作为什么重要,有什么理论或实际意义,等等。但是不要吹,不能说大话,或。假如是很重要的,轻轻地说一下,不要吹的太厉害,这样反而会被引起重视的。例如20世纪最伟大的发现DNA双螺旋,这么伟大的发现J. D. Watson and F. H. C. Crick是这样写的:It has not escaped our attention that the specific pairing we have postulated immediately suggests a possible copying mechanism for the genetic material.他们没有吹的很厉害,没用说我们这个发现有多重要,多伟大。而只是说我们已经注意到它有这个意义,轻轻的说一下,这写得非常精彩。有一本书,叫做“DNA双螺旋“是Watson写的,在书的有一段写到他是如何写这句话的,你们有兴趣可以读一读。

下面这个摘要,我认为写得精彩:Formation of the normal mammalian cerebral cortex requires the migration of GABAergic inhibitory interneurons from an extracortical origin, the lateral ganglionic eminence (LGE). Mechanisms guiding the migratory direction of these neurons, or other neurons in the neocortex, are not well understood.大脑的形成需要某一种neurons神经元迁移,但迁移的机制不太清楚,这是要解决的问题。接下来讲的是科学发现,懂不懂没有关系。We have used an explant assay to study GABAergic neuronal migration and found that the ventricular zone (VZ) of the LGE is repulsive to GABAergic neurons. Furthermore, the secreted protein Slit is a chemorepellent guiding the migratory direction of GABAergic neurons, and blockade of endogenous Slit signaling inhibits the repulsive activity in the VZ. These results have revealed a cellular source of guidance for GABAergic neurons, demonstrated a molecular cue important for cortical development, and suggested a guidance mechanism for the migration of extracortical neurons into the neocortex.最后一句话,用了三个(revealed、demonstrated、suggested)并列的句子把重要性说明清楚,我觉得写得相当不错。

怎样写正文?

正文包括Introduction, Results, Discussion.怎么写,每个人的体会不一样。我是这样写的得:先不写Body,而是拿一张纸来,把实验结果的图画出来,不一定要画得很好,但要画出来。第一个图,即Fig. 1,应该是怎么样的图,Fig. 2它应该是怎样,先做图的框架,顺序Figure layout。然后再写图的注解Figure legend,即Fig. 1是怎样做出来,大概是什么意思,Fig. 2是怎样做出来,大概是什么意思。然后,先写Results,再写Introduction,最后写Discussion。

写Result比较容易。只要根据图的注解,一个图一个图往下写就可以。每一段要有一个开场白,介绍做下面实验的动机,目的。“To determine…”“To investigate…”等等。最重要的是逻辑性要强,语言要简练,说清楚为什么要做该实验,怎么做的,有什么阳性对照,阴性对照。结果是什么,发现是什么。尽量少做解释,推论,不要做猜想。每一段的最后可以有一个简短总结。“These results suggest…”“Therefore,…”“Taken together…”还有一个要注意的是前呼后应。前后段之间要有联络,过度不能太生硬。

Introduction怎么写?主要引导读者按照你的思路去理解文章。所以Introduction大概要写明下面这几点。(1) What do we know about the subjects? Only relevant information should be provided; don’t write a review. (2)What we don’t know. (3)Rationale:Why you want to do it? Don’t repeat abstract. (4) Approaches:How you are going to do it. (5)Significance Make an appeal to general readers.有一点很重要,不能把Introduction写成综述review,不要把人家已经知道的东西全部写进去。前面我已经讲过,我看人家文章,先不看Introduction,因为是怕被人牵着鼻子走。而我自己在写Introduction,也是牵着你的鼻子走(笑)。开个玩笑。一般Introduction应该是只写与工作相关的,引导人家去理解你的文章。不是牵着人家的鼻子走,而是希望人家按照一定的思路去理解文章。

最后是Discussion,这是最难写的部分,又最不重要,很多评审都不看Discussion,所以我把它放在最后写。一般来说,要写几个方面。第一也是最重要的,是要讨论这个工作的意义,对理论方面的贡献,在实际应用上的意义,有那些发现,为什么是重要的。有什么创意,什么新方法,新思路。第二,要解释一下,你的实验结果为什么是可靠的,人家过去的工作有那些跟你是一致的,有那些文献支持你的结论,等等。这里要注意,一定要说清楚你的工作新在那里。如果人家都已经做了那么多了,那你还有什么创新呢?第三,要指出你的工作的不足之处,还有为什么与别人的结果不一样,为什么你有不同的解释,等等。并引用文献来解释。有些实验在现有的条件下,在有限的时间内你不能做,为什么,你要解释。一般来说,我不主张不做实验,只做辩解。你因尽最大努力做,实在不能做,才作解释。

整个正文怎么写,我都有实例。以后有机会详细介绍。有一个事情须要强调的,是反复修改,再多也不过分。写完后请别人,各种各样的人提意见。有时甚至是让领域以外的人看,会有意想不到的收获。我有个美国学生,工作做完后,我让他去写文章,他写完了,自己觉得很得意拿来给我看,我说这不行,他说哪里不行。我还是先讲个故事,美国的国务卿基辛格,他让他的助手去写一份关于中东现在战略形势的报告,基辛格对他的助手说,这份材料很重要,下个星期一一定搞好,给我。这个助手在这周末没有休息,查阅了很多文献,写完后,交给基辛格,他想表功,这周末没有好好的休息,查阅了很多文献,才写完。基辛格拿在手一看说,不够好That is not great enough。这位助手想,基辛格真是天才,这样看一眼,就知道写的不够好。然后基辛格说,再给你二天时间。他回去又去写,修改。星期三又拿去给基辛格,基辛格看了一下,又说,That is not great enough,你把材料拿回去。这位助手说,我已经化很大的努力写了。基辛格说,我再给你一天的时间。这位助手只好拿回去连夜写、修改,然后请教别人,修改完后,星期四又去见基辛格,不等基辛格开口就先说,基辛格博士,我已经化了最大的努力了,要是今天你再跟我讲That is not great enough,I quit,我不干了。基辛格说,In that case, I will read it,既然如此,那我去读一下(笑)。所以修改前基辛格根本没有读过,而且也知道助手有潜力可挖,最后基辛格才去读这篇材料。

我没有用同样的方法对付我的学生。我的学生把写好的文章拿来给我看,我说,不行,他说,那怎么写,我说,1,2,3,4,拿回去修改。然后他拿回去写、修改,拿来给我,我说还是不行,按照A、B、C去修改,然后他拿回去写、修改,再拿来给我,我让他把文章放在我这里,我都没看,自己重新写,写完后,给这位学生。他说,你写得真好,但好像你还没有看过我写的文章,当时我也没有承认没有看过他的文章。后来我告诉他,写Result一定要前呼后应,交代清楚。另外一位美国学生也告诉我,你是中国人,文章为什么写的比我们本国人还要好。第三个人再来问我时,我说,我跟你坦白,其实不论哪个国家人都一样,你的中国文章写得好,英文文章也会写得好,因为很多基本的做法是一样的。我考大学是时候,不怕人见笑,考数学、物理、化学、政治、语文五门科,我是靠了语文政治考上的。我报考华东师大,当时录取的分数线是360分,我考了371分,在整个系里倒数第二名。我认识一位政治辅导老师,看了我的成绩,说我真是巧,数学考不及格,物理、化学刚刚及格,政治85分,语文95分,说我是靠政治吃饭的(笑)。政治就是写文章。不是说大家都不要学好数理化,数理化还是要学好。但一个人的写作能力并不是说英文怎么样,而是基本语言要交代清楚,一定要有逻辑性,要前呼后应,要有连贯,有交待。

最后讲一下怎样对待评审。假如说一篇文章被拒绝了,或被批评的一塌糊涂,我觉得非常重要的,就是如何正确对待。我到全世界包括在欧洲,特别是到日本讲学,他们说美国人是对我们是有偏见的,照顾美国人,而我们投的文章都打回来了,美国人是不讲道理的。我说你讲的不对,我们大家,包括美国科学家,发文章都要经过一番艰难曲折,我反复强调,第一要工作做的好,第二要搞懂各个杂志的评审录取过程,第三是有一个基本的写作技巧,最后,是要学会如何正确对待批评,对待评审。收到严厉的评审时,首先是要冷静下来be calm,人家把你的文章说的一塌糊涂,这是对事,不对人,他对你没有仇恨,他只是说你的文章不好,不是说你这个人不好。所以不要发火,不要生气,看看评审说得有没有道理,有时候他说的没有道理,或是错的,那就要通过编辑进行解释,说明。在任何时候,要与编辑保持的良好关系,即使评审说的很没道理,也不要与编辑吵。因为你只能跟编辑打交道,而不能与评审直接说,评审是匿名的,你不知道是谁。即使编辑与评审是同样的观点,你也只能与讲道理,最好用事实,用实验来说明你是对的,或有一定道理,争取编辑的理解,最后站在你一边。这样还有可能通过编辑去说服评审。还有,不要与评审争辩,特别是不要感情用事,不要用过激的言辞。千万不要攻击评审,说他不懂。因为大多数情况下你写的反应,辩解都是要送回评审那儿去的。你说I agree, I appreciate,等等。最重要的,也是最基本的,特别是好的杂志,就是评审叫你做什么,你要尽最大努力去做,这样即使你不能做出来,评审也会有同情感。你辛辛苦苦地做了半年,我再要提很抠门的要求的话就有点不讲道理了,让你通过算了。请不要想出一大堆理由,或者引用一大堆文献来为你不做实验而辩解。你要知道,在很多情况下,评审让你补实验,你做了,这文章的质量也确实大大提高了。最后一点也是比较难一些,就是假如你发现评审有什么地方搞错了,譬如疏忽了一个明明写的非常清楚的发现,或者一个基本观点没搞懂,或者不理解一项新技术,或者逻辑上的明显错误,你应该抓住机会,进行反驳。对编辑私下说,你看评审连这点都没搞懂,也许他不够格,也许他的其他观点也有问题。这时编辑会比较相信你,再给你一次机会。因为明显是评审的错误,既然在这问题他有错,那在其他问题上也会有错。

作为结束语,我想推荐一本书。有的书是经常要查和翻的,象“The elements of style”,很多字是怎么用的,它都有,我是放在桌子上经常用的,比如说compare with和compare to,到底怎么用,这已经不是语法问题,而是什么情况下用,它会告诉你怎么用,这种类似的情况太多了,这个不是仅对我们中国人,美国人也经常把这本书放在桌子上。还有其它一些基本书。好今天就这样,还有什么问题大家可以提。